La limpieza es una de las fases de restauración más relevantes, pues tiene como consecuencia un cambio radical en el bien intervenido. El material constitutivo hace que estas labores sean más o menos complejas, resultando relativamente sencilla en el caso de los azulejos, siempre y cuando éstos se hayan conservado bien.
Así ha ocurrido en la fase de limpieza de las lápidas cervantinas. Éstas se encontraban cubiertas por una capa bastante gruesa de polvo y costras que fueron eliminadas gradualmente mediante la limpieza con jabón neutro especial, obteniéndose unos resultados sorprendentes al rescatar el vivo cromatismo de los esmaltes.
A lo largo del siglo de vida que poseen, otros depósitos se han ido asentando en su superficie, como las salpicaduras de pintura plástica generadas por el mantenimiento de fachada o las deyecciones de aves. Una suciedad con mayor entidad que tuvo que ser retirada pormenorizadamente mediante bisturí.
